آگاه: در جلسه‌ای که در تاریخ ۱۵بهمن ۱۳۵۷ در مدرسه رفاه با حضور خبرنگاران تشکیل شد، حکم انتصاب بازرگان به‌عنوان نخست‌وزیر دولت موقت قرائت شد. متن حکم ازسوی آقای هاشمی‌رفسنجانی و ترجمه انگلیسی آن را ابراهیم یزدی در مراسم قرائت کرد.
حضرت امام(ره) در این حکم تاکید کرده بودند «جناب آقای مهندس مهدی بازرگان بنا به پیشنهاد شورای انقلاب، برحسب حق شرعی و حق قانونی ناشی از آرای اکثریت قاطع قریب‌به‌اتفاق ملت ایران که طی اجتماعات عظیم و تظاهرات وسیع و متعدد در سراسر ایران نسبت به رهبری جنبش ابراز شده است... مامور تشکیل دولت موقت می‌نمایم.»این انتصاب به‌عنوان اولین انتصاب رسمی در دولت انقلابی ایران، ماهیتی قانونی و شرعی داشت. بر مبنای مدل حکومتی ولایت فقیه، لازم بود تا رییس دولت مشروعیت خود را از فرمان رهبر که خود نیز دارای مشروعیتی الهی و مورد وفاق ملت بود، کسب کند؛ از این رو حضرت امام، بازرگان را به‌عنوان رییس دولت منصوب و او را موظف به انجام وظایفی که در حکم به آن تاکید شده کردند.
اما عمر اولین دولت در جمهوری اسلامی چندان به درازا نکشید، چراکه بازرگان و همفکران او در دولت موقت، در پی آن بودند تا با بهره‌گیری از فرصت حضور در دولت نظر ملت را به خود جلب کرده و بتوانند با حضور در نهادهای تازه‌تاسیس، مدل حکومتی موردنظر خود را در جمهوری اسلامی مستقر کنند. بر این اساس آنان تلاش زیادی برای حضور در مجلس خبرگان قانون اساسی به کار بستند ولی راه به جایی نبردند و از مجموع ۷۳نماینده مجلس خبرگان، تنها ۶کرسی در اختیار آنان قرار گرفت.
این شرایط و عدم اقبال مردم به آنان باعث شد تا مهندس بازرگان و همفکران او در دولت موقت به بهانه تسخیر لانه جاسوسی آمریکا ازسوی دانشجویان پیرو خط امام در روز ۱۴آبان ۵۹ استعفا دهند.
تنفیذ در بیمارستان
بعد از استعفای دولت بازرگان، شورای انقلاب اداره امور کشور را به عهده گرفت و به عبارت بهتر، توأمان هم عهده‌دار وظایف قوه مقننه و هم وظایف قوه مجریه شد. در آن شرایط، مهم‌ترین رخداد کشور برنامه‌ریزی برای برگزاری همه‌پرسی قانون اساسی در ۱۱ و ۱۲آذر ۵۹ و همچنین اولین دوره انتخابات ریاست‌جمهوری بود که قرار بود در ۵ بهمن ۵۸ برگزار شود. در اولین دوره از انتخابات ریاست‌جمهوری باتوجه‌به مشکلاتی که برای جلال‌الدین فارسی، نامزد حزب جمهوری اسلامی پدید آمد، بنی‌صدر توانست به‌عنوان رییس‌جمهوری انتخاب شود. حضرت امام(ره) که در آن روزها در بیمارستان قلب تهران بستری بودند، برای اینکه روال اداره امور نظام نوپای اسلامی از حرکت نایستد، در همان بیمارستان مراسم تنفیذ بنی‌صدر را انجام دادند.
در حکم تنفیذ بنی‌صدر که در تاریخ ۱۵بهمن ۱۳۵۸ و با حضور مقامات کشوری و اعضای شورای انقلاب و خبرنگاران برگزار شد، حضرت امام(ره) فرمودند: «برحسب آنکه مشروعیت آن (رأی ملت) باید به نصب فقیه جامع‌الشرایط باشد، اینجانب به موجب این حکم، رأی ملت را تنفیذ و ایشان را به این سمت منصوب نمودم؛ لکن تنفیذ و نصب اینجانب و رأی ملت مسلمان ایران محدود است به عدم تخلف ایشان از احکام مقدسه اسلام و تبعیت از قانون اساسی اسلامی ایران.»
بعد از قرائت حکم تنفیذ بنی‌صدر، حضرت امام در سخنانی بر فانی بودن مقامات دنیوی تاکید کرده و فرمودند: «هر مقامی که برای بشر حاصل میشود، چه مقام‌های معنوی و چه مقام‌های مادی روزی گرفته خواهد شد و آن روز هم نامعلوم است.» و افزودند: «توجه داشته باشند همه کسانی که برای بشر خدمت میکنند، کسانی که دارای مقامی هستند، دارای پستی هستند، که مقام آنها را مغرور نکند. مقام رفتنی است و انسان در حضور خدای تبارک و تعالی ماندنی است.» اما بنی‌صدر بعد از روی‌کارآمدن، رویه‌ای دیگر را در پیش گرفت. خیانت‌های او در جبهه‌های جنگ و همکاری و پیوند او با منافقین علیه نیروهای انقلاب باعث شد تا مجلس شورای اسلامی با رأی ۱۷۷نفر از نمایندگان در مقابل یک رأی مخالف سرانجام او را فاقد کفایت سیاسی اعلام کند.
دولت ۲۸ روزه
رییس‌جمهوری بعدی رجایی بود که در انتخابات دوم مرداد ۱۳۶۰ به‌عنوان رییس‌جمهوری انتخاب شد. مراسم تنفیذ او ۱۱مرداد در آستانه عید سعید فطر و در حسینیه جماران برگزار شد. بنیان‌گذار جمهوری اسلامی حضرت امام خمینی(ره) در ۱۱/۵/۱۳۶۰ حکم ریاست‌جمهوری شهید رجایی را بدین شرح تنفیذ کردند: «به‌رغم تبلیغات دشمنان خارج و داخل ملت با اکثریت قاطع افزون از دوره سابق، جناب آقای محمدعلی رجایی را به ریاست‌جمهوری کشور برگزیده و این مسئولیت بزرگ و بار سنگین را برعهده او گذاشتند و چون مشروعیت آن باید با نصب فقیه ولی امر باشد، اینجانب رأی ملت شریف را تنفیذ و ایشان را به‌سمت ریاست جمهوری اسلامی ایران منصوب نمودم.» «مادام که ایشان در خط اسلام عزیز و پیرو احکام مقدس آن می‌باشند، از قانون اساسی ایران تبعیت و در مصالح کشور و ملت عظیم‌الشأن در حدود اختیارات خویش کوشا باشند و از فرامین الهی و قانون اساسی تخطی ننمایند، این نصب و تنفیذ به قوت خود باقی است و اگر خدای ناخواسته برخلاف آن عمل نمایند، مشروعیت آن را خواهم گرفت و باید ایشان توجه داشته باشند و از عمل ملت دریافته باشند که ملت دلاور نیز رأی خود را بر این اساس به ایشان داده‌اند.» ولی دست جنایت‌آفرین منافقین به رجایی اجازه خدمت به این کشور را نداد و کمتر از یک ماه بعد از مراسم تنفیذ، او به همراه حجت‌الاسلام باهنر در انفجار دفتر نخست‌وزیری به فیض شهادت نائل می‌آید.
تنفیذ در عید قربان
برای انتخاب رییس‌جمهوری آینده، انتخابات در تاریخ ۱۰مهر ۶۰ برگزار شد و آیت‌الله خامنه‌ای توانست با اکثریت قاطع آرا به ریاست‌جمهوری انتخاب شود. مراسم تنفیذ نیز ۱۷مهر ۶۰ - روز عید سعید قربان - در حسینیه جماران برگزار شد.
در این مراسم، حجت‌الاسلام مرحوم سید احمد خمینی متن نامههای وزیر کشور و شورای نگهبان را مبنی بر اعلام صحت انتخابات قرائت کرد و سپس ایشان متن حکم امام خمینی(ره) درمورد تنفیذ انتخابات را برای حاضران خواند.
در ۱۷مهرماه ۱۳۶۰ امام(ره) حکم ریاست‌جمهوری حضرت آیت‌الله خامنه‌ای را در سومین دوره انتخابات چنین تنفیذ کردند: «اینجانب به پیروی از ملت عظیم‌الشأن و با اطلاع از مقام و مرتبت متفکر و دانشمند محترم جناب حجت‌الاسلام آقای سیدعلی خامنه‌ای، رأی ملت را تنفیذ و ایشان را به سمت ریاست جمهوری اسلامی ایران منصوب نمودم.» آیت‌الله خامنه‌ای بعد پایان دور اول ریاست‌جمهوری‌شان، در دوره چهارم ریاست‌جمهوری هم نامزد انتخابات شدند و توانستند با کسب بیش از ۸۵درصد آرا به‌سمت ریاست‌جمهوری ایران انتخاب شوند. تنفیذ این دوره از انتخابات نیز در تاریخ ۱۳شهریور ۱۳۶۴ در حسینیه جماران برگزار شد. در خجسته سال‌روز عید سعید غدیرخم سال۱۳۶۴ شمسی، امام(ره) حکم ریاست‌جمهوری حضرت آیت‌الله خامنه‌ای را در چهارمین دوره انتخابات تنفیذ کرده و فرمودند: «بحمدالله تعالی با تاییدات خداوند متعال «جل و علا» و دعای خیر حضرت ولی‌الله الاعظم «روحی لمقدمه الفدا» چهار سال ریاست‌جمهوری با خیر و سلامت و قدرت و عظمت سپری شد. اینک به پیروی از آرای محترم ملت عظیم‌الشأن و آشنایی به مقام تعهد و خدمتگزاری دانشمند محترم، جناب حجت‌الاسلام آقای سیدعلی خامنه‌ای، آرای ملت را پس از پایان دوره کنونی تنفیذ و ایشان را به‌سمت ریاست جمهوری ایران منصوب می‌نمایم و از خداوند متعال توفیق ایشان را در خدمت به اسلام و ملت و کشور اسلامی خواستارم.»
تاکید بر عدالت اجتماعی
رهبر انقلاب در تاریخ ۱۲/۵/۶۸ متن تنفیذ رأی ملت و امضای حکم ریاست‌جمهوری آقای هاشمی‌رفسنجانی، نخستین رییس‌جمهوری ایران پس از رحلت امام خمینی(ره) را بدین شرح صادر کردند: «اینجانب ضمن سپاس مجدد از الطاف نهان و آشکار حضرت حق‌تعالی به پیروی از ملت عظیم‌الشأن و با معرفت به مقام و مرتبت یاور صمیمی امام(ره ) و شخصیت برجسته نظام جمهوری اسلامی و بازوی توانا و زبان گویای آن، جناب آقای هاشمی رفسنجانی(دامت تأییداته) رأی ملت را تنفیذ و ایشان را به ریاست جمهوری اسلامی ایران منصوب می‌کنم.» رهبر انقلاب اسلامی در این مراسم، رییس‌جمهوری را به طرفداری از حقوق محرومان و مستضعفان و کوشش برای ریشه‌کن کردن فقر و محرومیت و استقرار عدالت اجتماعی دعوت کردند و کسانی را که در اداره کشور توفیق همکاری با ایشان را خواهند داشت به رعایت تقوا و تداوم یاد خدا و حسن سلوک و ارتباط با مردم و به‌خصوص قشرهای ضعیف و محروم و رعایت عزت و عظمت اسلام و استقلال سیاسی، اقتصادی و فرهنگی جمهوری اسلامی در تنظیم روابط خارجی فراخواندند.
حجت‌الاسلام هاشمی رفسنجانی بعد از به پایان رساندن چهارسال اول دوران ریاست جمهوری‌اش، برای دوره بعد یعنی ششمین دوره ریاست‌جمهوری هم کاندیدا شد. در این انتخابات که در تاریخ ۲۱خرداد ۷۲ برگزار شد، آقای رفسنجانی توانست مجددا به‌عنوان رییس‌جمهوری ایران انتخاب شود هرچند کاهش ۲۴درصدی آرای وی در مقایسه با دوره قبل نشان از نارضایتی‌هایی از برنامه‌های دولت داشت. تنفیذ این دوره از انتخابات هم در تاریخ ۱۲ مرداد ۱۳۷۲ برگزار شد. آیت‌الله‌العظمی خامنه‌ای با تأکید بر اینکه تنفیذ مادامی برقرار است که رئیس‌جمهور در راه دفاع از اسلام ناب محمّدی صلّیاللَّهعلیهوآله و استقرار عدالت اجتماعی و تمسّک به اصول پایدار انقلاب اسلامی گام بردارد فرمودند: «این فرصت را مغتنم شمرده، رئیس‌جمهور محترم و برادر گرامی خود را به آنچه توصیه همه انبیا و اولیاء مؤمنین است توصیه می‌کنم؛ یعنی رعایت تقوا و بیاعتنایی به زخارف دنیا و دوام ذکر الهی و اعتماد به قدرت حضرت احدیّت و ناچیز شمردن قدرت خود و همه قدرت‌مندان مادّی در برابر قدرت کامله الهی، و مهربانی با بندگان خدا و حُسنِ سلوک با مردم؛ به‌خصوص قشرهای ضعیف که نیروهای همیشه در صحنه انقلاب و صمیمیترین یاران آنانند و حفظ موضع مستحکم همیشگی خود در برابر دشمنان و مخالفان و بدخواهان، و نیز به گزینش همکاران و مدیرانی که این معیارها را در آنان بازشناخته و ثبات قدم، استحکام روحیه و استقامت فکر آنان را آزموده باشند.»
دوم خرداد
با پایان یافتن دوره دوم ریاست‌جمهوری آقای رفسنجانی، علی‌رغم برخی پیش‌بینی‌ها، حجت‌الاسلام و المسلمین خاتمی توانست با کسب اکثریتی ۲۰میلیونی به‌عنوان رییس‌جمهوری اسلامی ایران انتخاب شود. پنجمین رییس‌جمهوری؛ آقای سید محمد خاتمی در تاریخ ۲۱/۵/۷۶، حکم تنفیذ ریاست‌جمهوری را از سوی رهبر انقلاب اسلامی دریافت کرد. رهبر انقلاب پس از اجرای مراسم تنفیذ فرمودند: «آنچه من به مسئولان دولت آینده و رییس‌جمهور عزیز - که بحمدالله خودشان هم به این نکات توجه دارند- از باب تذکر عرض می‌کنم این است که اولاً همه سعی ما باید این باشد که این ملت را بشناسیم. ثانیا خواسته‌ها و نیازهایشان را برآورده کنیم. این ملت، حق عظیمی بر گردن ما دارد. این ملت است که کشور را حفظ کرده است و این ملت به حقیقت، آیت قدرت پرودگار است.»
حکم تنفیذ آقای محمد خاتمی در هشتمین دوره ریاست جمهوری در تاریخ ۱۱/۵/۱۳۸۰ توسط رهبر انقلاب صادر شد. آیت‌الله‌العظمی خامنه‌ای در این روز، پس از مراسم تنفیذ فرمودند: «ما در موقعیت حساسی هستیم. به اعتقاد من امروز قوی‌ترین کار این است که به مسائل اقتصادی و مسئله معیشت و در رأس همه مسئله اشتغال به‌جدیت پرداخته شود. هیچ‌کدام از اینها معضلات و گره‌های کوری نیستند که دست‌های توانا و فکرهای کارآمد نتوانند آنها را حل کنند.»
تنفیذ نهم
بعد از پایان چهارسال دوم ریاست جمهوری آقای خاتمی، شرایط برای انتخاب رییس‌جمهوری جدید فراهم شد. آقای احمدی‌نژاد توانست در نهمین دوره انتخابات ریاست‌جمهوری که مرحله اول آن در ۲۷خرداد ۸۴ و مرحله دوم آن در تاریخ سوم تیر برگزار شد، با کسب ۱۷میلیون رأی به‌عنوان رییس‌جمهوری انتخاب شود.
در متن تنفیذ محمود احمدی‌نژاد که در سوم تیر۱۳۸۴ نهمین رییس‌جمهوری ایران شد نیز اینگونه آمده است: «سخن صریح و قاطع و صادقانه ایشان در تعهد به خدمتگزاری و رفع محرومیت و مبارزه با فساد، و لحن افتخارآمیز ایشان در پایبندی به اسلام و آرمان‌های انقلاب، که با منش مردمی و ساده‌زیستی همراه بود، دل‌ها و آرای مردم را متوجه ایشان کرد و مسئولیت مهم ریاست‌جمهوری را بر دوش ایشان نهاد. اینجانب ضمن تبریک به ملت شریف و آزاده، رای آنان را تنفیذ و جناب آقای دکتر محمود احمدی‌نژاد را به ریاست جمهوری اسلامی ایران منصوب می‌کنم. بدیهی است که رای ملت و تنفیذ اینجانب تا هنگامی است که ایشان به تعهد خود و صراط مستقیمی که تاکنون در آن حرکت کرده‌اند یعنی راه اسلام و آرمان‌های نظام اسلامی و دفاع از حقوق ملت و ایستادگی در برابر مستکبران و زورگویان پایبند باشند که به توفیق الهی همواره چنین خواهد بود انشاءالله.» در مردادماه ۱۳۸۸ و بعد از ثبت یک رکورد بی‌نظیر از مشارکت مردم، در حکم تنفیذ دهمین رییس‌جمهور یعنی محمد احمدی‌نژاد اینگونه آمده است: «اینجانب در آستانه زادروز فرخنده نجات‌بخش بشریت، ولیّ اعظم خدا و امام صالحان حضرت حجةبن‌الحسن روحی فداه و عجّل اللَّه فرجه، این عید بزرگ را گرامی داشته و انتخاب جناب آقای دکتر محمود احمدی‌نژاد را در دهمین انتخابات ریاست‌جمهوری تبریک می‌گویم و به پیروی از ملت بزرگوار ایران، رأی آنان را تنفیذ و این مرد شجاع و سختکوش و هوشمند را به ریاست جمهوری اسلامی ایران منصوب می‌کنم. و برای ایشان و همکارانشان توفیق خدمتگزاری به مردم؛ و تلاش در راه اِعلای کلمه اسلام؛ و اقدامات بزرگ و ماندگار و شایسته ملت و کشور عزیز؛ و حرکت کوشنده به سوی پیشرفت و عدالت، از خداوند متعال مسالت می‌کنم. و بدیهی است که رأی مردم و تنفیذ اینجانب تا هنگامی است که ایشان بر این صراط قویم پایدار باشند.»
دولت اعتدال
در سال۱۳۹۲ و پس از پیروزی حسن روحانی در انتخابات ریاست‌جمهوری که با شعار اعتدال روی کارآمده بود، رهبر انقلاب در متن حکم تنفیذ اینگونه تصریح کردند: «اکنون که رأی قاطع ملت ایران شخصیتی دانشمند، و کارآزموده میدان‌های گوناگون، و دارای سوابق جهادی متعدد، و مفتخر به حضور در مسئولیت‌های دینی و سیاسی را به مدیریت اجرایی کشور برگزیده است، اینجانب نیز به پیروی از آنان و همراه با تبریک به ایشان، رأی ملت را تنفیذ و جناب حجت‌الاسلام آقای دکتر حسن روحانی را به ریاست‌جمهوری اسلامی ایران منصوب می‌کنم و از خداوند متعال توفیقات بزرگ ایشان را در این مسئولیت خطیر و باارزش مسالت می‌نمایم. بدیهی است که آن رأی و این تنفیذ تا هنگامی است که ایشان به تعهد در پیمودن صراط مستقیمی که تاکنون در پیش داشته‌اند، یعنی راه آرمان‌های نظام اسلامی و دفاع از حقوق ملت و ایستادگی در برابر زورگویان و مستکبران پایبند باشند که به کمک الهی چنین خواهد بود، انشاءالله. رئیس‌جمهور محترم را به استعانت از حضرت احدیت و التزام به پرهیزگاری و خشوع و توسّل به خداوند قادر متعال و بهره‌گیری از ظرفیت‌های عظیم و دستاوردها و تجارب متراکم کشور توصیه می‌کنم و هدایت الهی و حمایت همگانی از ایشان را آرزومندم.»
البته در دومین انتخاب حسن روحانی و در مردادماه ۱۳۹۶ در متن تنفیذ اینگونه آمده است: «اینجانب به پیروی از گزینش ملت ایران، رأی آنان را تنفیذ و دانشمند محترم جناب حجت‌الاسلام آقای دکتر حسن روحانی را به ریاست‌جمهوری اسلامی ایران منصوب می‌کنم و با دعا برای موفقیت ایشان، موکدا توصیه می‌کنم که این منصب خطیر را وسیله‌ای برای کسب رضای الهی و ذخیره‌ای برای هنگامه لقای پروردگار قرار دهند و همت خود را متوجه استقرار عدالت، و جانب‌داری از محرومان مستضعف، و اجرای احکام اسلام ناب و تقویت وحدت و عزت ملی، و توجه به توانمندی‌ها و ظرفیت‌های عظیم کشور، و صراحت در بزرگداشت ارزش‌ها و مبانی انقلاب اسلامی نمایند، و مطمئن باشند که ملت غیور و شجاع، خدمتگزاران کشور را در دشواری‌ها و در مقابله با زورگویی‌ها و زیاده‌خواهی‌های استکبار تنها نخواهد گذاشت. لازم می‌دانم بار دیگر درباره اجرای برنامه اقتصاد مقاومتی و توجه ویژه به موضوع اشتغال و تولید داخلی تاکید کنم و یادآوری نمایم که رأی ملت و تنفیذ آن، موکول به حفظ و رعایت تعهد به صراط قویم و مستقیم اسلامی و انقلابی است.»
و درنهایت رهبر انقلاب اسلامی در تاریخ ۱۲/۰۵/۱۴۰۰ طی مراسمی حکم سیزدهمین دوره ریاست جمهوری اسلامی ایران را به شهید سیدابراهیم رئیسی تنفیذ کردند. در بخشی از این حکم آمده است: «اکنون با تشکر از مردم عزیز و با پیروی از گزینش آنان، رأی به عالِم فرزانه و خستگی‌ناپذیر و کارآزموده و مردمی، جناب حجت‌الاسلام آقای سیدابراهیم رئیسی را تنفیذ و ایشان را به ریاست‌جمهوری اسلامی ایران منصوب می‌کنم، و از خداوند متعال توفیق و سربلندی ایشان و همکارانشان را مسالت می‌نمایم و یادآوری می‌کنم که رأی ملّت و تنفیذ اینجانب تا هنگامی است که مشی همیشگی ایشان در پیمودن صراط مستقیم اسلام و انقلاب ادامه داشته باشد، که به فضل الهی چنین خواهد بود؛ انشاءالله.» و پایان کار این دولت با شهادت رییس‌جمهوری و یارانش در حادثه سقوط بالگرد رقم خورد.