آگاه: او پس از پیروزی انقلاب اسلامی و با راه‌اندازی مدرسه حقانی، حدود ۱۰ سال در آن مدرسه به تدریس فلسفه و علوم قرآنی پرداخت. وی چند دانشگاه، مدرسه و موسسه نیز راه‌اندازی کرد که مهم‌ترین آنها، موسسه در راه حق، دفتر همکاری حوزه و دانشگاه، بنیاد فرهنگی باقرالعلوم و موسسه آموزشی و پژوهشی امام خمینی (ره) بود.
آیت‌الله مصباح‌یزدی در سال ۶۹ به عنوان نماینده دومین دوره مجلس خبرگان رهبری از استان خوزستان و پس از آن نیز در دوره‌های سوم و چهارم این مجلس از سوی مردم تهران و در میان‌دوره‌ای دوره پنجم از سوی مردم استان خراسان رضوی به نمایندگی برگزیده شد. وی از سال ۷۴ تا پایان حیاتش از سوی رهبر انقلاب، رئیس موسسه آموزشی و پژوهشی امام خمینی (ره) بود.
پس از دوم خرداد ۷۶، برخی از نشریات اصلاح‌طلب در خصوص سوابق مبارزاتی آیت‌الله مصباح پیش از پیروزی انقلاب اسلامی تشکیک کردند و حتی وی را متهم به فرار از مبارزه کردند. به طور مثال علی حکمت، سردبیر روزنامه خرداد نوشت: «بر جناب آقای مصباح یزدی و موضع نرم و ملایم و مودبانه ایشان در دوران حکومت ضداسلامی شاه ایرادی نیست. شاید در آن دوران، اجتهاد و استنباط ایشان این بوده است که فقط باید مطالعه و تحقیق کرد و باید از منازعات دنیوی برکنار ماند.» آیت‌الله مصباح‌یزدی به دلیل سخنرانی‌ها و روشنگری‌هایی که در دوران اصلاحات داشت، مورد حملات تند اصلاح‌طلبان تندرو قرار گرفت. آنان علاوه بر اینکه وی را متهم به انقلابی نبودن می‌کردند، او را حجتیه‌ای می‌دانستند و مدعی می‌شدند: در سال‌های جنگ نیز همراهی با انقلاب و رزمندگان نداشت.
مرحوم محتشمی‌پور نخستین کسی بود که مطرح کرد آیت‌الله مصباح با هرگونه قیامی قبل از ظهور امام زمان (عج) مخالف است. حجت‌الاسلام منتجب‌نیا نیز آیت‌الله مصباح را به تلاش برای نگارش کتابی علیه حکومت اسلامی متهم کرد. کروبی نیز پس از عدم موفقیت در نهمین دوره انتخابات ریاست‌جمهوری در سال ۸۴ در مصاحبه با روزنامه شرق گفت: «پرسیدم از آقای مصباح اصلا خبری نیست. آقای هاشمی گفت: آقای مصباح به کلی از حرکت نظام و انقلاب و مبارزه برگشته است.» این ادعا به نقل از هاشمی در حالی بیان شد که در کتاب‌های خاطرات هاشمی ذکر نشده است.
آیت‌الله مصباح یزدی که در انتخابات دوم خرداد ۷۶ از کاندیداتوری حجت‌الاسلام ناطق‌نوری حمایت کرده بود، با رای‌آوری سیدمحمد خاتمی در سخنانی به حمایت از رئیس‌جمهور منتخب پرداخت. وی اسفند سال ۷۷ در خصوص سفر خاتمی به ایتالیا گفت: «رئیس‌جمهور در جریان سفر به ایتالیا از فتوای امام خمینی (ره) مبنی بر قتل سلمان رشدی به خوبی دفاع کرد. از این بهتر کسی نمی‌توانست در ایتالیا به عنوان دروازه اروپا از حکم امام دفاع کند.» پس از مدتی با شدت گرفتن گرایش‌های سکولاریستی و پلورالیستی در فضای فرهنگی کشور، برخی از علما از جمله آیت‌الله مصباح‌یزدی به دفاع از مبانی اسلام و روشنگری پرداختند. آیت‌الله مصباح تلاش می‌کرد با سخنان و استدلال‌های خود به ویژه در سخنرانی‌های پیش از خطبه‌های نمازجمعه تهران که هر دو هفته یک بار برگزار می‌شد، به مبانی فکری سکولارها پاسخ دهد.
همچنین برخی از نشریات جبهه دوم خرداد، اواخر آذر ۷۷ در اقدامی هماهنگ به نقل از آیت‌الله مصباح در صفحه اول خود چنین تیتر کردند: «مصباح یزدی: می‌توانیم شهروند درجه یک و دو داشته باشیم.» پس از نقل این جملات روزنامه‌های دوم خردادی با ارائه گزارش‌ها، مقاله‌ها و انجام مصاحبه‌های متعدد، تهاجمی تازه را علیه آیت‌الله مصباح سامان دادند. این تحلیل و تفسیرها در حالی صورت گرفت که هرگز به اصل سخنان آیت‌الله مصباح توجه نشد و همه منتقدان به سخنان تقطیع شده وی استناد کردند. با مراجعه به اصل سخنان ایشان متوجه خواهیم شد که او هرگز تساوی شهروندان در برابر قانون در صورت ارتکاب جرم یا مسائلی از این دست را نفی نکرده بود، بلکه تنها به یک مغالطه پاسخ گفته بود. مغالطه‌ای که مدعی است، چون همه انسان‌ها در انسانیت مساوی‌اند پس همه در تابعیت از یک کشور و بهره‌مندی از مزایای حقوقی آن کشور نیز کاملا مساوی باشند.
 در روزنامه «فتح» و «همشهری» به نقل از محسن آرمین، عضو پیشین سازمان منحل مجاهدین انقلاب، بدون ذکر دلیلی، هتاکانه و به طور صریح، اتهام ترور به آیت‌الله مصباح نسبت داده شد: «سخنان زهرآگینی که توسط مصباح یزدی در خطبه‌های نماز جمعه ایراد شده، زمینه را برای کارهای تروریستی، ‌ نظیر اقدام به قتل سعید حجاریان آماده ساخت.» (۲۶ اسفند ۷۸) محسن آرمین، بعدها با ظرافتی خاص، ترور حجاریان را به روحانیت و آیت‌الله مصباح نسبت داده و چنین می‌گوید: «کسانی که با انگیزه ایدئولوژیک دست به ترور می‌زنند، به مجوز شرعی نیاز دارند و تحت القائات ایدئولوژیک و سیاسی دست به این عمل زده‌اند که این موارد باید دنبال شود.» (بامداد نو ۱۰ فروردین ۷۹)
روزنامه «آفتاب امروز» صریح‌تر از روزنامه‌های دیگر، به ایشان اتهام صدور فتوای ترور را نسبت داد و نوشت: «وقتی از برخی تریبون‌ها به طور رسمی فرمان قتل صادر می‌شود، کسانی هم خود را مجاز به اجرای آن می‌دانند.» (۲۴ اسفند ۷۸) روزنامه مشارکت با درج سخنان مسئول روابط عمومی دفتر تحکیم وحدت چنین نوشت: «از حاکمیت انتظار داریم و از مقامات می‌خواهیم که در وهله اول، نقش تئوری پردازان خشونت و شخص آقای مصباح یزدی را که با بیانات اخیر خود، مستند و با مدرک در تربیت دادن پتانسیل خشونت در فضای جامعه نقش داشت را بررسی کند.» (۲۶ اسفند ۷۸)
از جمله مسائلی که به ابزاری برای تخریب شخصیت و ترور آیت‌الله مصباح مورد بهره‌برداری غیرمنصفانه قرار گرفت، انجام نشدن مناظره بین آیت‌الله مصباح و عبدالکریم سروش بود. واقعیت آن است که آیت‌الله مصباح سال‌ها بود که عبدالکریم سروش را به حضور در یک مناظره زنده تلویزیونی دعوت می‌کرد، اما متاسفانه وی به بهانه‌های مختلف از انجام این مناظره طفره رفت. در آن ایام، سروش در دانشکده اقتصاد دانشگاه تهران درباره مناظره با آیت‌الله مصباح چنین گفت:‌ «جواب من همان بوده که هست، ۲۰ جلد کتاب دارم که آقای مصباح می‌تواند سر هر سطری از آن یقه مرا بگیرد، اما ایشان چه نوشته‌ای دارد که من با استناد به آن با جناب مصباح مناظره کنم؟» (صبح امروز ۱۱ آذر ۷۸)
در دوران اصلاحات روشنگری‌های آیت‌الله مصباح تا مرز خطر جانی پیش رفت و چنان شد که آیت‌الله بهجت نگران شده بودند. حجت‌الاسلام مرتضی آقاتهرانی نقل می‌کند: «آیت‌الله بهجت در آن موقع دغدغه جان آیت‌الله مصباح را داشتند و به ما فرمودند، مواظب ایشان باشید.» (کتاب مصباح دوستان ص ۷۹)
اما آنچه مشخص است، شخصیت‌های بزرگ تاریخ نه تنها با تخریب و تلاش معاندین، از بین نخواهند رفت بلکه با بازنشر اندیشه‌ها و آثاری که از خود به جا گذاشته‌اند در تاریخ ماندگار خواهند ماند. آیت‌الله مصباح از جمله این شخصیت‌ها محسوب می‌شود، هرچند او دیگر در میان ما نیست اما شاگردانش می‌توانند آثار وی را همچنان زنده نگه دارند، براین اساس آیت‌الله مصباح را باید سردار جهاد تبیین نامید، سرداری که همچنان آثار و تالیفات او می‌تواند راهگشا باشد.