آگاه: پس از وقوع حادثه، شیشه دست‌کم ۱۰۰ ماشین و ساختمان در منطقه محل حادثه تا شعاع چندکیلومتری شکسته شد و تلفات جانی و مصدوم نیز در این حادثه دلخراش وجود داشت. پس از وقوع حادثه، تیم‌های امدادی و آتش‌نشانی به‌سرعت به محل حادثه اعزام شدند. بلافاصله پس از وقوع انفجار، چهار تیم عملیاتی واکنش سریع جمعیت هلال‌احمر استان هرمزگان متشکل از امدادگران و نجاتگران به محل حادثه اعزام شدند. پس از وقوع انفجار، فیلم‌های متعددی از حادثه منتشر می‌شد که حجم زیاد دود و ریختن شیشه‌ها را نشان می‌داد.

بررسی اولیه؛ انفجار در کانتینرهای دپو شده
در نخستین ساعات پس از وقوع انفجار، مدیر ستاد بحران استان هرمزگان گفت که در بررسی اولیه چنین به نظر می‌رسد که انفجار به خاطر تعدادی کانتینر دپو شده در بندر شهید رجایی است. پس از آن، شرکت ملی پالایش و پخش فرآورده‌های نفتی ایران در اطلاعیه‌ای اعلام کرد که این انفجار ارتباطی با پالایشگاه‌ها و مخازن سوخت و مجموعه پخش و خطوط لوله نفتی مرتبط با این شرکت در آن منطقه نداشته و در حال حاضر بهره‌برداری از تاسیسات واقع در منطقه بندرعباس بدون وقفه در حال انجام است. اما در پی انفجار در اسکله بندر شهید رجایی، گمرک جمهوری اسلامی ایران اعلام کرد انفجار در محوطه کانتینری سینا بوده و این محوطه وابسته به سازمان بنادر و دریانوردی است. طبق اعلام گمرک، پس از وقوع انفجار، تمامی کامیون‌هایی که تشریفات گمرکی آنها انجام شده از محوطه بندر شهید رجایی خارج شدند. گمرک همچنین اعلام کرد که به احتمال زیاد منشا انفجار از دپوی کالاهای خطرناک و مواد شیمیایی موجود در محوطه بندر بوده و محل انفجار در شعاع دو کیلومتری ساختمان اداری گمرک بوده است.

بسیج نیروها برای مهار آتش
«محمد آشوری» استاندار هرمزگان نیز در نخستین واکنش به حادثه انفجار در بندر شهید رجایی گفت: به‌دلیل شدت انفجار علت حادثه هنوز مشخص نیست. همه بیمارستان‌های همجوار آمادگی پذیرش مصدومان را دارند. نیروی دریایی سپاه و ارتش و نیروی انتظامی و... همه برای مهار آتش‌سوزی بسیج شده‌اند.«اسماعیل مکی‌زاده» معاون دریایی اداره کل بنادر و دریانوردی استان هرمزگان، در نخستین ساعت پس از وقوع حادثه، از قطع موقت عملیات دریایی و بندری در بندر شهید رجایی به دلیل وقوع حادثه انفجار در آن بندر خبر داد. معاون دریایی اداره کل بنادر و دریانوردی هرمزگان گفت: در پی سانحه انفجار که در یکی از سایت‌های بندر شهید رجایی رخ داد، بلافاصله نیروی امدادی، اورژانس و HSE در صحنه حضور یافتند و عملیات امداد برقرار و کنترل و اطفای حریق در حال انجام است. مکی‌زاده ادامه داد: باتوجه‌به اینکه نیاز است تا تمرکز بیشتری در اطفا و کنترل صدمات داشته باشیم، موقتا عملیات دریایی و بندری برای حفظ ایمنی متوقف شده است. وی تصریح کرد: این اقدام برای حفظ ایمنی و پیشگیری حوادث ثانویه انجام شده است، قطعی عملیات موقتی است و بعد از کنترل حریق، عملیات دریایی و بندری به شرایط عادی برمی‌گردد.

دستور رییس‌جمهور
مسعود پزشکیان، رییس‌جمهور نیز دستور بررسی وضعیت و علل حادثه بندر شهید رجایی بندرعباس را صادر کرد. در پیام صادره از ناحیه پزشکیان آمده است که ضمن ابراز تاسف عمیق و همدردی با حادثه‌دیدگان در استان هرمزگان، دستور بررسی وضعیت و علل حادثه را صادر کردم. وزیر کشور به‌عنوان نماینده ویژه برای بررسی دقیق ابعاد سانحه، ایجاد هماهنگی‌های لازم و رسیدگی به وضعیت مصدومان به منطقه اعزام شد. محمدرضا عارف، معاون اول رییس‌جمهور نیز در پی وقوع انفجار شدید در محدوده اسکله شهید رجایی بندرعباس، طی تماس‌های تلفنی جداگانه با استاندار هرمزگان و رییس جمعیت هلال‌احمر آخرین وضعیت شهر بندرعباس را جویا شد و دستورات لازم را صادر کرد. در این تماس تلفنی، عارف با اشاره به اهمیت موضوع، دستور داد تا بررسی‌های فوری و جامعی برای تعیین علت دقیق حادثه و میزان خسارات انجام شود. وی همچنین بر لزوم رسیدگی به وضعیت مجروحان و خانواده‌های کشته‌شدگان احتمالی تأکید کرد.

ماموریت قالیباف به نمایندگان چهار کمیسیون
محمدباقر قالیباف، رییس مجلس نیز در پی حادثه بندر شهید رجایی به هیاتی مرکب از اعضای کمیسیون‌های مرتبط مجلس شامل عمران، امنیت ملی و سیاست خارجی، شوراها و امور داخلی و بهداشت و درمان ماموریت داد تا برای بررسی وضعیت و ابعاد حادثه به بندر شهید رجایی در استان هرمزگان اعزام شوند و گزارشی از روند رسیدگی‌ها به مجلس ارائه دهند.

صدور دستور قضایی
همچنین در پی حادثه انفجار در بندر شهید رجایی، حجت‌الاسلام موحدی، دادستان کل کشور به دادستان مرکز استان هرمزگان دستور داد این حادثه به‌فوریت و دقت رسیدگی شود. در دستور دادستان کل کشور به دادستان مرکز استان هرمزگان تاکید شده است که بررسی دقیق و رسیدگی ویژه به پرونده و برخورد قاطع و اثرگذار با عامل یا عاملان احتمالی و کسانی که در این حادثه قصور و تقصیر و سهل‌انگاری داشته‌اند، در اولویت قرار گیرد. دادستانی کل کشور همچنین در اطلاعیه‌ای خطاب به فعالان فضای مجازی و رسانه‌ها از آنها خواست باتوجه‌به وقوع حادثه در بندرعباس از پرداختن به موضوعاتی که امنیت روانی جامعه را مخدوش می‌کند، پرهیز کنند. در اطلاعیه دادستانی کل کشور تاکید شده است با افرادی که با انتشار محتوای خلاف واقع، نشر اکاذیب و توهین اقدام به برهم‌زدن امنیت روانی جامعه کنند، بر اساس قانون برخورد مقتضی صورت خواهد گرفت. در این اطلاعیه خطاب به دادستان‌های سراسر کشور تاکید شده که لازم است با اتخاذ تدابیر لازم با افرادی که با سوءاستفاده از فضای مجازی در مورد این حادثه خسارت‌بار مبادرت به مخدوش کردن امنیت روانی جامعه و تشویش اذهان عمومی با انتشار محتوای خلاف واقع و نشر اکاذیب می‌کنند مطابق مقررات برخورد سریع، موثر و بازدارنده صورت گرفته و نتیجه به دادستانی کل اعلام شود.اما به دنبال انفجار در یکی از اسکله‌های بندر شهید رجایی که ظهر روز شنبه ششم اردیبهشت‌ماه روی داد، «احمد میدری» وزیر تعاون، کار و رفاه اجتماعی پیگیر رسیدگی به مصدومان این حادثه شد. وی ضمن ابراز تاسف و همدردی با خانواده‌های آسیب‌دیدگان و تسلیت به خانواده جان‌باختگان طی تماسی با مدیرعامل سازمان تامین اجتماعی و مدیران کل کار، تامین اجتماعی و درمان استان‌های هرمزگان، بوشهر، فارس و کرمان، دستور بسیج کامل امکانات این مجموعه‌ها برای رسیدگی فوری و موثر به مصدومان را صادر کرد.
گفته‌های شاهدان عینی
اما طبق اعلام شاهدان عینی حادثه انفجار در بندر شهید رجایی، ابتدا یک آتش‌سوزی جزئی رخ‌داده، اما به دلیل دمای هوای ۴۰‌درجه و همچنین انباشت مواد اشتعال‌زا، این آتش به‌سرعت تسری پیدا کرده و باعث انفجار شده است. مردم بندرعباس در پی حادثه انفجار در بندر شهید رجایی، با حضور گسترده در پایگاه‌های انتقال خون، برای کمک به مصدومان صف کشیدند. این اقدام خودجوش مردمی، نشانه‌ای از همبستگی و همراهی با نیروهای امدادی و آسیب‌دیدگان این حادثه تلخ است. 
تا لحظه تنظیم این گزارش، طبق اعلام رییس سازمان امداد و نجات کشور، فوت پنج نفر در حادثه بندر شهید رجایی و همچنین مجروحیت بیش از ۵۰۰ نفر تایید شده است.

مشابهت‌سازی دو انفجار بندری
اما پس از وقوع حادثه انفجار در بندر شهید رجایی بندرعباس، موجی از شایعات در فضای مجازی و تلگرامی ایجاد شد. شایعاتی بی‌اساس و مضحک که هدف آنها تهدید امنیت روانی مردم و تلاش برای مرتبط کردن این انفجار با مذاکرات هسته‌ای و فعالیت‌های دفاعی و مشروع کشورمان بود.
در همین راستا، برخی کانال‌های تلگرامی به نقل از شبکه ۱۴ رژیم صهیونیستی نوشتند: محموله سوخت در عملیات فوق‌سری در بندرعباس نابود شد! این ادعا در حالی مطرح شد که شبکه ۱۴ رژیم صهیونیستی شنبه‌ها تعطیل است و هیچ فعالیتی ندارد و خبر فوق ساختگی بود.
ابراهیم رضایی، سخنگوی کمیسیون امنیت ملی مجلس نیز درخصوص ادعاهایی که پیرامون انفجار بندر شهید رجایی مطرح می‌شود، گفت: برخی رسانه‌ها در حال مشابهت‌سازی انفجار بندر شهید رجایی با انفجار بندر بیروت هستند. فرضیه تروریستی بودن این حادثه مطرح شده است.
 همه اینها گمانه‌زنی‌های رسانه‌ای است. هنوز گزارشی ناشی از انفجار حاصل از مواد شیمیایی یا عملیات تروریستی ارائه نشده است.