آگاه: یعنی یک لایه‌ زیرین و عمیق‌تر از حاکمیت ازسوی ولی‌فقیه تامین و امضا بشود و به این اعتبار این اصطلاح را تنفیذ می‌گویند؛ یعنی نفوذ دادن و به عمق رفتن (تثبت کردن).
براساس مشروعیت پایه مقبولیت می‌شود و ترکیب این دو حاکمیت را تمام می‌کند. در این مورد مستندات قرآنی و روایی متعددی هم وجود دارد.
 از جمله سه آیه‌ در سوره مائده که پشت سر هم آمده است و می‌فرماید: «مَنْ لَمْ یَحْکُمْ بِما اَنْزَلَ الله فَاوُلئِکَ هُمُ ٱلکافِروُن»، «وَ مَنْ لَمْ یَحکُمْ بِما اَنْزَلَ الله فَاوُلئِکَ هُمُ ٱلفاسِقُوُنْ»، «مَنْ لَمْ یَحْکُمْ بِما اَنْزَلَ الله فَاوُلئِکَ هُمُ ٱلظالِمُوُن».
 یعنی کافرون، فاسقون، ظالمون در ذیل آیه آمده است. این سه آیه می‌خواهد بگوید ما وظیفه داریم براساس «ما اَنْزَلَ الله» حکومت کنیم و رییس‌جمهوری چون خودش به تمام «ما اَنْزَلَ الله...» تسلط ندارد، باید زیر نظر ولی‌فقیه و مجتهدی باشد که او کارشناس «ما اَنْزَلَ الله» است و لذا ولی‌فقیه تنفیذ می‌کند و این می‌تواند مبنای حکم تنفیذ باشد. 
خداوند متعال در جای دیگری از قرآن می‌فرماید: «اِنَّ الله یَأمُرُکُمْ اَنْ تُوَّدُّوا الاَمانات اِلی اَهلِها» یعنی خداوند شما را امر می‌کند که امانات را به اهلش بسپارید. اَمَر در اینجا دلالت بر وجوب شرعی دارد و یکی از بزرگ‌ترین امانت‌ها، امانت حکومت است. 
چون ریاست از جانب رییس‌جمهوری نوعی حکومت و بخشی از حکومت در قالب قوه مجریه است؛ لذا مشمول این آیه می‌شود که باید این امانت ریاست‌جمهوری به اهلش سپرده شود. 
کسی هم که می‌خواهد این امانت را به اهلش بسپارد باید خودش فقیه و مجتهد باشد، با مبانی فقهی، شرعی و دینی آشنا باشد که بی‌شک مقام ولایت‌فقیه است که این اهلیت را در رییس‌جمهوری تشخیص می‌دهد؛ البته یکی از مولفه‌های اهلیت، رأی اکثریت مردم است و نباید آن را فراموش کرد ولی جهات دیگری هم در اهلیت وجود دارد که آن را مجتهد و ولی‌فقیه تشخیص می‌دهد و بعد از اتمام تشخیص اهلیت حکم ریاست‌جمهوری را براساس مبانی شرعی و فقهی تنفیذ می‌کند. 
درمورد مستندات روایی این موضوع هم می‌توان به روایت «مَجاری الامور بیَد العُلماء» اشاره کرد که به این معنی است که سَررشته امور مدیریتی کشور باید به دست عالم بالله باشد و این همان ولی‌فقیه و مجتهد است که تشخیص می‌دهد رییس‌جمهوری آیا دارای آن شرایط یا اهلیت‌ها هست یا نه؟
 در صورت تشخیص، تنفیذ می‌کند؛ یعنی مشروعیت می‌بخشد. 
بنابراین براساس مبانی فقهی و اجتهادی که از ادله‌ شرعیه استخراج می‌شود، تنفیذ حکم ریاست‌جمهوری جنبه‌ تشریفاتی ندارد و یک واجب شرعی و تکلیف دینی محسوب می‌شود.
 از نظر مفهومی، تنفیذ حکم ریاست‌جمهوری اتفاقا تثبیت و تایید مردم‌سالاری دینی هم هست، چراکه رییس‌جمهوری از یک‌سو با رأی اکثریت مردم انتخاب می‌شود که مصداق بارز مردم‌سالاری است و از سوی دیگر، با تنفیذ حکم ولی‌فقیه و حاکم شرع و مجتهد، مصداق دینی بودن مردم‌سالاری اثبات می‌شود.
 پس ما در تنفیذ حکم ریاست‌جمهوری، جمع بین این دو مفهوم را داریم. هم مفهوم مردم‌سالاری و هم دینی بودن را. البته ولی‌فقیه مختار است که اگر تشخیص داد رییس‌جمهوری آن شرایط لازم از نظر مباحث فقهی و شرعی را ندارد، حتی اینکه مردم به او رأی داده باشند، می‌تواند حکم او را تنفیذ نکند.